رودخانه های ابهر نیز بصورت فصلی و دائمی جریان دارند که بزرگترین آنها ابهررود است که از دوشاخه فصلی و دائمی تشکیل شده،شاخه فصلی از کوه های سرآهند و حوالی گردنه الله اکبر سلطانیه سرچشمه می گیرد و شاخه دائمی آن بنام کینه ورس است که از کوه های رستم،ملاداغی و سندان داغ سرچشمه گرفته از شعبات متعددی تشکیل شده و در نزدیکی ابهر با شاخه فصلی پیوسته و بنام ابهررود وبا جهت شمال غربی به جنوب شرقی جریان مییابد و در مسیر خود آبهای ابهر،خرمدره نیز داخل آن می شوند که پس از مشروب ساختن مزارع روستاها و شهرهای همجوار خود در صائین قلعه،هیدج،خرمدره،ابهر،قروه،ضیاءآباد،تاکستان وقزوین،به رودخانه شور و در آخر به دریاچه قم می ریزد. مقدار آبی که در این رودخانه جریان دارد و در ایستگاه(هیدرومتریک) روستای قروه اندازه گیری شده است که 316میلیون متر مکعب در سال است.این رود خانه موجب ایجاد اراضی آبروفتی و حاصلخیز در این منطقه شده است آب رودخانه از ذوب شدن برفهای و ایجاد سیلاب ها و چشمه سارها در فصل بهار و زمستان تامین می گردد. این رودخانه در شهرستان در پائین ترین سطح شهر قرار گرفته است و به همین منظور زاینده رود است در مسیر خود آب از زمین بالا آمده و به بر رودخانه می افزاید در نقاط مختلف شهر اهالی با بستن آب بند هائی،آب را از سمت خود منحرف و برطرف مزارع ابهر و روستا ها روانه می کنند ولی آب رودخانه تا رسیدن به آب بند پائینی دوباره افزایش مییابد و پرآب می گردد. در اطراف این رودخانه و دیگر رودخانه ها اکثرا درختان تبریزی،بید نارون و سپیدار توسط اهالی کاشته می شود که پساز رشد کافی آن ها را قطع و به تهران و دیگر شهر های مجاور حمل می کنند،که مصارف صنعتی و ساختمانی دارد.

امروزه با ریختن فاضلاب شهری توسط شهرداری این رودخانه آلوده شده و همین طور درختان اطراف رودخانه را قطع می کنند یا آتش می زنند و بعد این زمین ها را تبدیل به خانه، اداره دادگستری و حوزه علمیه و… می کنند.